Stavba nového kostela, který by nahradil válkou zničený kostel sv. Václava, byla plánována již na konci 40. let a poté znovu v 60. letech 20. století, ale snahy věřících vždy narazily na nepřízeň komunistického režimu. Stavbu se proto podařilo uskutečnit až po Sametové revoluci. Velkou zásluhu na tom měl břeclavský farář Josef Ondráček. Po složitých jednáních bylo rozhodnuto, že kostel bude obnoven na původním místě uprostřed břeclavského náměstí T. G. Masaryka. Následovala architektonická soutěž, ve které zvítězil návrh prof. Ludvíka Kolka z Brna.
Základní kámen nového chrámu byl položen 25. dubna 1993. Dodavatelem stavby byla společnost Moravostav. Na práci se podílely také desítky dobrovolníků z řad studentů a věřících. Nejtěžší bylo obstarat finance. Kromě sbírek břeclavských farníků pomohli především věřící z Itálie, Rakouska a Německa. Okresní úřad přispěl 1,75 milionu Kč. Město Břeclav darovalo 0,5 milionu Kč. Celkový účet dosáhl 35 milionů Kč. Slavnostní vysvěcení kostela se konalo 10. září 1995 a provedl jej brněnský biskup Vojtěch Cikrle.
Celá budova je pojata v moderním duchu. Hmota chrámu je tvořena dvěma nízkými protilehlými křídly na půdorysu trojúhelníku, z nich uprostřed vystupuje vertikální trojvěží, které odkazuje na Nejsvětější trojici. Silueta stavby má připomínat sepjaté ruce při modlitbě. Jako materiál byl použit takřka výhradně železobeton. Interiérové vybavení je dílem akademického sochaře Karla Stádníka, výtvarníka Karla Rechlíka a Ludvíka Kolka.